Um belastbare Aussagen über die Vogelwelt der Oberen Saale zu erlangen, werden durch den Arbeitskreis in jedem Jahr Programmarten festgelegt, denen besondere Aufmerksamkeit gewidmet wird. Es geht hierbei insbesondere um Schätzungen des Brutbestandes.
Seit den 1970er Jahren besteht im Oberland ein Zählgebiet entlang der Saale. Die im Winterhalbjahr erhobenen Zahlen fließen in die internationale Datenbank.
Der Atlas deutscher Brutvogelarten (ADEBAR) soll durch standardisierte Methoden eine Bestand und Verbreitung aller in Deutschland brütenden Vogelarten leisten. Die hierzu notwendigen Kartierungsarbeiten werden durch Mitglieder des AKOOS im Gebeit der Oberen Saale durchgeführt. Daneben fließen die Zufallsbeobachtungen und Bestandserhebungen im Rahmen des Arbeitskreises in dieses Projekt ein.
Möglichst zeitnah zur Beobachtung sollen im Zugkalender aktuelle Daten zum Vogelzug eingetragen werden, die Auskunft über Erstbeobachtungen einzelner Arten geben.
Im Jahr 2008 begann der AKOOS mit der Anbringung von Nisthilfen aller Art sowie der Numerierung bereits ausgebrachter Nisthilfen. Ziel ist die Erfassung möglichst vieler Brutplätze in einer Datenbank zur vereinfachten Kontrolle und als Ansporn zum Sammeln brutbiologischer Daten. Das Projekt lebt und wird in den nächsten Jahren beständig ausgebaut.